Las campañas de conquista llevadas a cabo por Fernando III en el valle medio del Guadalquivir, y más concretamente las operaciones militares de 1240-41 que culminaron con el cerco y conquista de Sevilla en 1248, constituyen el punto de partida de la vinculación histórica de nuestra villa a la Orden Militar del Hospital de San Juan de Jerusalén.
En un privilegio rodado escrito en latín, fechado en Córdoba el 6 de marzo de 1241, ya consta la regia donación de las villas y castillos de Lora y Setefilla y del castillo de Almenara a la Orden, probablemente por su intervención en la ganancia.

El relato que nos ofrece la Primera Crónica General sobre la toma de Lora y su comarca, cuya capitulación definitiva tiene lugar en la primavera de 1247, en fechas cercanas al 25 de marzo, festividad de la Encarnación, viene a destacar precisamente el papel que desempeñaron en este importante hecho los caballeros hospitalarios, bajo el mando del Prior de San Juan en Castilla y León Fernando Rodríguez. Asimismo, está documentado que el 15 de enero de 1249, por la ayuda prestada en el asedio de Sevilla, los freíres sanjuanistas también fueron premiados aquí con los castros de Malapiel y Alcolea, recibiendo además un controvertido diploma, dado en el mismo lugar, día y mes que el de 1241, pero ocho años más tarde, en el que se incluían, dentro de un solo alfoz, las plazas o fortalezas de las dos cesiones reales anteriores y añadían los castros de Pefiaflor y Algarín. La merced fue la base de la llamada bailía de Setefilla, unidad territorial y de gobierno situada entre Córdoba y Sevilla, que formó parte del Priorato castellano-leonés de la Orden y estuvo sujeta por mucho tiempo como cámara prioral directamente a su titular, el Prior de San Juan, por lo que estuvo administrada por un comendador o un teniente del Prior, con plena y privativa jurisdicción tanto temporal como espiritual o eclesiástica. Sería la más firme base del poder del Prior de San Juan en la región y una de las más importantes plataformas señoriales del Hospital en toda la Corona de Castilla. La participación de la Bailía en la actividad militar de la Orden y la Monarquía en la baja Edad Media confirma esta relevancia.