En 1259, iniciada la tarea de repoblación, la Orden constituye en Lora un Concejo u órgano rector, cuyo germen inicial fue la concesión  de una serie de privilegios de población y un fuero, el de Toledo, según Carta-Puebla otorgada en Badajoz el 1 de marzo de dicho año por el Comendador Mayor en España frey Riombaldus (Riombait), previo acuerdo del comendador de Setefilla frey Alvar Pérez tomado en el castillo de Lora con el convento de los freires bailíos de la bailía y otras autoridades de la Orden.

Junto a este primer derecho local, Lora recibió de la Orden el privilegio de villazgo y la prerrogativa de ser cabeza o capital de todo el término del señorío, beneficiada en buena medida por su privilegiada situación geográfica de bisagra entre el valle y la sierra, ser lugar de paso y cruce de caminos. La carta de confirmación fue dada en Lora el 7 de abril de 1264, en plena revuelta mudejar, por frey Gonzalo Pérez de Pereira, Comendador Mayor, siendo comendador de la bailía frey Pay Rodríguez. Este ordenamiento fue completado a lo largo del tiempo con nuevas disposiciones y privilegios para atraer nuevos pobladores, destacando el dispositivo militar, la muralla, que se construye en la villa en 1320 por iniciativa del Prior Fernán Rodríguez de Valbuena; el derecho a celebrar cada domingo un mercado franco, concedido en 1338 por el Prior frey Alfonso Ortiz Calderón; y la donación de todos los baldíos y herbajes del término de Lora hecha a sus vecinos en 1477 por el Prior frey Álvaro de Zúñiga