La Bailía o Encomienda propiamente dicha, los tres prioratos, una capellanía y un hospital, vinieron a conformar con el tiempo el patrimonio de la Orden de San Juan en Lora. Los ingresos más importantes procedieron de la Bailía como tal, derivados de los derechos jurisdiccionales, propiedades y rentas territoriales, pechos y tributos o derechos señoriales, impuestos sobre el tránsito y compraventa, contribuciones de naturaleza eclesiástica, y rentas procedentes del control de cargos y oficios. En los primeros años del siglo XVI, el Prior de San Juan, a la sazón frey don Diego de Toledo, recibía por la bailía de Lora unos  862.000 maravedíes anuales. Con él tuvieron pleito los vecinos desde 1534-1555, consiguiendo éstos finalmente mejorar las condiciones de vida en el señorio