Desde el punto de vista institucional, el concejo de Lora fue 'más o menos abierto al principio; y, después, cerrado, es decir, controlado por un grupo reducido de vecinos principales que detentaron los cargos del poder concejil, enajenados, privatizados y, finalmente, perpetuados en los miembros de sus familias, los llamados regidores perpetuos, aliados del Prior de San Juan.

Este Concejo tuvo la primacía en todo el territorio hasta la última década del siglo XIII, momento en que el primitivo alfoz se mutila o se cernía sobre él la amenaza de que una parte, la oriental, pasase a una jurisdicción distinta a la Orden, como fue el caso de Peñaflor, Almenara y Malapiel, manteniendo Lora su liderazgo después de esta segregación en los restantes lugares del señorío hasta la separación de hecho del miembro de Alcolea en el último tercio del siglo XV y de derecho en 1504. El Cabildo se reunía en el cementerio de la iglesia de Santa María de la Asunción a la salida de misa mayor o llamados sus miembros a campana tañida, o bajo el portal del hospital de Santa María, Hasta 1514 no hemos documentado la Casa Cabildo o Casas Capitulares de la villa de Lora. El Concejo usó una bandera de  tafetán, de color carmesí, en la que aparecía como emblema en el centro, en tafetán blanco, una cruz latina, simple y llana, tomada del estandarte de la Orden, o bien una cruz octogonal, que es la que ha venido usándose, de ocho ángulos y ocho puntas, propia del hábito negro de los caballeros sanjuanistas. Sus ocho puntas simbolizan al mismo tiempo las ocho Bienaventuranzas y las ocho Lenguas o naciones de la Orden Jerosomilitana: Provenza, Auvernia, Francia, Italia, Aragón-Cataluña-Navarra, Inglaterra, Alemania, y Castilla-León-Portugal. Sus cuatro brazos representan las cuatro virtudes cardinales: Fortaleza, Justicia, Templanza y Perseverancia. Por último, su color blanco recordaba al caballero la pureza, ya que los sanjuanistas estaban obligados a cumplir los votos solemnes de pobreza, castidad y obediencia.