La bailía de Lora y Setefilla quedó separada de la dependencia directa del Prior el 17 de agosto de 1531, convirtiéndose en Bailiaje de mejoramiento, cuya dignidad, titulada propiamente Bailío de Lora y concedida por bula magistral, sería la más preeminente después del Prior de San Juan, vacante que estaría llamado a ocupar el Bailío de Lora en adelante, según consta en la bula capitular dada por el Maestre Philippe de Villiers de Lisie Adam el 26 de dicho mes y año.

Esto viene de nuevo a demostrar la importancia que siempre tuvo la bailía de Setefilla en el Priorato y, en general, en la Orden. Tal hecho institucional se puso en práctica una vez fallecido el Prior frey don Diego de Toledo a finales de 155,7 en tiempos del Maestre Jean de LaVallette Parisot. El primer bailío de Lora fue frey Pedro Núñez de Herrera, con casa en Córdoba e hijo natural de Alfonso de Aguilar, de la familia de los Fernández de Córdoba. En 1587, los ingresos anuales del bailiaje de Lora se elevaban a 9.400 ducados de oro. Fue por estos años, en 1573 concretamente, cuando don Enrique de Guzmán, conde de Olivares, interesado en el Bailiaje, adquirió a la Corona las alcabalas de Lora y Setefilla y Alcolea, proponiendo posteriormente al Maestre la venta de dichas alcabalas o la permuta del señorío y vasallaje de estas villas. En 1593 todos los vecinos a una voz proclamaron que querían ser de la Religión y no del Conde, declarando que se debían comprar las alcabalas a éste.